Trên một tấm bia đá bị hư hại nặng nề (Cairo JE 59635 [CG 20799]),[4][5] Neferhotep III liên tục gọi Thebes là "thành phố của ta" và ca ngợi bản thân là "người dẫn đường của Thebes chiến thắng".[6] Sự nhấn mạnh vào Thebes này được Ryholt hiểu là chỉ ra rằng Neferhotep III chỉ cai trị giới hạn ở khu vực Thebes. Ngoài ra, Baker còn chỉ ra rằng không hề có các chứng thực dành cho các vị vua của vương triều thứ 16 (ngoại trừ Bebiankh và Nebiryraw I) nằm ngoài dải thung lũng sông Nile kéo dài 200km mà bao gồm cả Thebes, từ Hu ở phía Bắc tới Edfu ở phía Nam.[2] Giới hạn cho sự cai trị của Neferhotep III chỉ ở vùng đất Thebes còn được củng cố hơn nữa bởi một tấm bia đá thuộc về người kế vị của Neferhotep là Seankhenre Mentuhotepi , trên tấm bia này Mentuhotepi tuyên bố "Ta là vua ở bên trong Thebes, đây là thành phố của ta".